Een tbs-behandeling kent een aantal fases. Deze fases zijn niet voor iedere tbs-kliniek en voor iedere patiënt gelijk. Ook de volgorde kan per patiënt verschillen. In het algemeen worden de volgende fases onderscheiden.

Preklinische fase

De patiënt wordt in de penitentiaire inrichting bezocht. Dit kennismakingsgesprek maakt het mogelijk een eerste diagnose te stellen en in te schatten in hoeverre de patiënt gevaarlijk gedrag zou kunnen vertonen bij opname in het FPC of de FPK.

Opname-/stabilisatiefase 

Tijdens deze fase wordt vastgesteld welk zorgprogramma geschikt is voor de patiënt.

Delictgerichte fase

In de delictgerichte fase is de behandeling intensief en werkt de patiënt aan het verminderen van het recidivegevaar. De patiënt moet zijn gedrag zodanig veranderen dat de kans dat hij opnieuw een delict pleegt kleiner wordt.

Opbouw- en terugvalpreventiefase

Wanneer de delictgerichte fase is afgerond, stroomt de patiënt door naar de opbouw- en terugvalpreventiefase. De patiënt wordt in deze fase voorbereid op het leven na het verlaten van het FPC of de FPK. Hij volgt één van de drie uitstroomtrajecten: zelfstandig wonen, begeleid zelfstandig wonen of begeleid wonen.

Ambulante fase

Patiënten worden in de ambulante fase meer of minder intensief begeleid door een transmuraal team van een FPC of FPK.

Afsluitingsfase

In de laatste fase van de behandeling zijn er verschillende mogelijkheden.

Langdurige Forensisch Psychiatrische Zorg
Een aantal patiënten komt niet in aanmerking voor terugkeer in de maatschappij. De kans dat zij opnieuw een delict plegen is nog steeds te groot. Voor deze patiënten kan een verzoek tot Langdurige Forensisch Psychiatrische Zorg (LFPZ) worden ingediend. Het behandeldoel is niet langer ‘het verminderen van de kans op recidive en vervolgens terugkeer naar de samenleving’. De
behandeling is gericht op het vergroten van de kwaliteit van leven van de patiënt. Het streven is de patiënt – binnen een gesloten, beveiligde setting – een zo prettig en nuttig mogelijke invulling van zijn leven te bieden. Elke twee jaar beoordelen onafhankelijke deskundigen en de Landelijke Adviescommissie Plaatsing LFPZ forensische zorg (LAP) of de LFPZ-status van de tbs-patiënt nog terecht is. Is dit niet het geval kan de patiënt teruggeplaatst worden naar een behandelsetting gericht op terugkeer naar de samenleving. FPC Pompestichting is de enige aanbieder van deze zorg binnen Nederland.

Voorwaardelijke beëindiging
Voorwaardelijke beëindiging wil zeggen dat de rechter de tbs-verpleging beëindigt, mits de patiënt zich aan bepaalde voorwaarden houdt. Een dergelijke voorwaarde kan bijvoorbeeld zijn dat hij contact moet houden met een behandelaar van de ambulante forensische psychiatrie. Voorwaardelijke beëindiging van de tbs-maatregel betekent dat het Forensisch Psychiatrisch Toezicht (FPT) van start gaat: het fpc of de fpk en de reclassering begeleiden gezamenlijk de patiënt en controleren of hij zich aan de voorwaarden houdt. Doet hij dit niet dan kan hij worden teruggeplaatst in een gesloten setting. Voorwaardelijke beëindiging kan levenslang duren. Gemiddeld duurt deze fase een kleine twee jaar. Alleen de rechter besluit om de tbs-maatregel voorwaardelijk te beëindigen. Het FPC of de FPK adviseert de rechter hier wel over.

Onvoorwaardelijke beëindiging
Bij onvoorwaardelijke beëindiging wordt de tbs definitief beëindigd. De patiënt valt dan niet meer onder de verantwoordelijkheid van het ministerie van Justitie en Veiligheid en heeft weer dezelfde rechten en plichten als elke andere burger. Onvoorwaardelijke beëindiging is alleen mogelijk na een voorwaardelijke beëindiging van minstens één jaar. Alleen de rechter besluit om de tbs-maatregel onvoorwaardelijk te beëindigen. Ook in dit geval geeft het FPC of de FPK wel een advies aan de rechter.